Năm 1966, Ngô Khánh Thụy trở thành một hội viên danh dự của LSE. Năm 1972, ông được nhận giải Ramon Magsaysay về công vụ, thường được cho là giải Nobel châu Á.[32] Cùng năm đó, Chính phủ Philippines trao cho ông Huân chương Sikatuna vì công lao trong phát triển quan hệ với Philippines.[3]

Sau khi rút khỏi chính trường, năm 1985 Ngô Khánh Thụy được trao Huy chương Temasek hạng nhất, là vinh dự dân sự cao nhất của Singapore. Ông cũng được trao giải cựu sinh viên ưu tú của LSE vào ngày 21 tháng 1 năm 1989,[33] và là hội viên ưu tú đầu tiên của Hội Quản trị phát triển kinh tế (Economic Development Board Society) vào năm 1991.[3]

Trong tuần hành quốc khánh vào ngày 29 tháng 8 năm 2010, Thủ tướng Lý Hiển Long công bố rằng Học viên Tư lệnh và Tham mưu Singapore và một tổ hợp được xây dựng tại trụ sở đường North Buona Vista của Bộ Giáo dục được đặt tên là Học viện Tư lệnh và Tham mưu Ngô Khánh Thụy và Trung tâm giáo dục Ngô Khánh Thụy.[34]